V poslednom pokračovaní trilógie o Matrixe sa dostane Neo (Keanu Reeves) spoločne s Trinity (Carrie-Anne Moss) a Morpheom (Laurence Fishburne) do finálovej bitky proti počítačovým vládcom univerza. Zion je v podstate dobytou baštou ľudského odporu, vzbúrenci prichádzajú o jednu loď za druhou a zrada číha i v ich radoch. Neo má naviac problém so svojou jedinečnosťou. Nie je to však iba manipulácia? A ako rozpoznať ľudskosť od ilúzie? Začína akčnejší a napínavejší príbeh, ako oba dva predchádzajúce...