X-Meni. Narodili sa s jedinečnou genetickou mutáciou, ktorá im umožňuje vládnuť nadprirodzenými schopnosťami. Pod vplyvom profesora Charlesa Xaviera slúžia ľudstvu. Chránia svet. Ten im však nedôveruje a bojí sa ich. Po nezmyselnom pokuse o atentát na prezidenta Spojených štátov, ktorý údajne spáchal neznámy mutant, sa verejnosť dovoláva zákona, ktorý má mutantov dostať pod kontrolu. Na čele anti-mutantného hnutia stojí armádny veliteľ a vedec William Stryker, o ktorom sa tvrdí, že na mutantoch robil pokusy. Mutantov nenávidí a chce ich totálne zlikvidovať. Keď zistí, že jeho vlastný syn je mutant, bez milosti ho zabije. Stryker mal v minulosti do činenia tiež s Wolverinom a pozná tajomstvá jeho minulosti. Keď Wolverin pátra po svojom pôvode, uvedie Stryker do pohybu svoj anti-mutantný program. Sú však aj mutanti, ktorí sa postavili proti ľudskej civilizácii. Jeden z nich, Magneto, práve ušiel z väzenia. Je nepriateľom X-Menov. V situácii, keď sa všetci mutanti stali štvancami, navrhne X-Menom spojenectvo proti spoločnému nepriateľovi Strykerovi. X-meni a ich spojenci sa vydávajú na najnebezpečnejšiu misiu v živote ...