Život mladého počítačového experta s perspektívnou budúcnosťou, a zároveň obávaného hackera s prezývkou Neo, Thomasa Andersona, sa radikálne zmení vo chvíli, keď ho po niekoľkých nočných morách kontaktuje záhadná Trinity. Ponúkne mu odpovede na otázky, ktoré ho už dlhší čas sužujú, no hlavne odpoveď, ktorá ho zaujíma asi najviac od chvíle, keď dostal záhadný e-mail: Čo je to Matrix? Rozhodne sa uveriť jej, a po poslednej možnosti voľby, ktorú mu ponúkne černoch Morpheus, sa prebúdza v skutočnom svete. S hrôzou zisťuje, že život, ktorý doteraz žil, bol len ilúzia. Že zďaleka nie je rok 1999, a že Matrix je obrovský software, na ktorý sú všetci ľudia napojený, a žijú si v ňom svoj vlastný "život" tak, ako doteraz žil aj on. V skutočnosti sú umiestnení v obrovskej elektrárni, ktorá týmto spôsobom prináša úžitok novodobým pánom sveta - strojom. A zisťuje aj to, že on je jediný, kto môže ľudstvo spod nadvlády strojov zachrániť. On je Vyvolený. Teda aspoň podľa proroctva. A tak nemá na výber - musí sa pridať k skupine rebelov, ktorý tejto vojne zasvätili celé svoje životy. Boj o budúcnosť sa môže začať...